Мисија Центра усмерена је на неколико суштинских целина које заснивају теоријско мишљење о историји. У том смислу, Центар:

• подиже методолошку културу историчара и то кроз теоријску проблематизацију темељних одређења историјске струке (време историје и време историчара; историјски извори; проблем интерпретације; нарација итд);
• развија истраживања из области епистемологије историје (историјска истина, објективност, узрочност, детерминизам, релативизам итд);
• подстиче теоријски утемељену историју историографије као неопходну интелектуалну дисциплину којом се успоставља унутрашњи дијалог са одређеним историографским наслеђем;
• негује изучавање сложеног односа историје и сећања и то кроз анализу културе сећања, места сећања, памћења и заборава и сл.

Основне активности Центра усредсређене су на:

• систематско праћење савремених историографских школа и праваца са нагласком на теоријским перспективама;
• представљање и превођење водеће академске литературе из области теорије историје;
• развој студијских програма о појединим проблемима теорије историје;
• организовање истраживачких семинара и научних конференција;
• стручно повезивање са одговарајућим међународним удружењима из области теорије историје (International Commission for the History and Theory of Historiography, International Network for Theory of History итд).